무라카미시(일본어: 村上市, Murakami-shi)는 일본 니가타현 북부에 위치한 행정 구역으로, 동해에 접한 시이다. 니가타현 최북단에 자리하고 있으며, 면적은 1,174.26km²로 현내에서 가장 넓고, 인구는 약 5만 명 수준이다.
지리 및 기후 니가타현 북부의 동해 연안에 위치하며, 앞바다 약 10km 지점에 아와시마섬이 있다. 주요 하천으로는 아리카와강과 미오모테강이 있다. 기후는 동해 측의 전형적인 기후 특성을 보이며, 겨울철 강수량이 많고 적설량이 상당하다. 차 재배의 북쪽 한계선으로도 알려져 있다.
역사 무라카미 지역은 에도 시대에 무라카미번(村上藩)의 성시(城下町)로 번창하였다. 1954년 3월 31일, 이와후네군 무라카미정·이와후네정·세나미정·사베리촌·가미카이후촌이 합병하여 시로 승격되었다. 이후 2008년 4월 1일에는 이와후네군의 아라카와정·가미하야시촌·아사히촌·산포쿠정을 편입합병하여 현재의 무라카미시가 되었다.
경제 및 특산물 미오모테강(三面川)의 연어와 무라카미규(村上牛)가 대표적인 명물이다. 연어와 관련하여 역사적으로도 유명한 지역으로, 에도 시대부터 연어 자원을 관리해 왔으며 세계 최초로 연어 인공증식에 성공한 기록이 있다. 또한 세나미 온천과 같은 온천 자원을 비롯하여 관광도시로서의 성격도 갖추고 있다.
문화 및 축제 매년 7월 6일과 7일에는 니가타현 3대 축제 중 하나인 무라카미 대제(村上大祭)가 개최된다. 시내 곳곳에는 무사 마을과 상인 마을의 옛 모습이 남아 있어 역사적 경관을 보존하고 있다.
교통 JR 동일본의 우에쓰 본선(羽越本線)이 시내를 통과하며, 여러 역이 설치되어 있다. 또한 국도와 고속도로망을 통해 인근 도시와 연결된다.
상징 시목(市木)은 프나(ぶな, 너도밤나무)이며, 시화(市花)는 해당화(はまなす)이다. 시장은 다카하시 구니요시(高橋邦芳)이며, 시청 소재지는 니가타현 무라카미시 산노초 1-1번지이다.