메트로이드 프라임(Metroid Prime)은 레트로 스튜디오스(Retro Studios)가 개발하고 닌텐도(Nintendo)가 게임큐브(GameCube)용으로 배급한 액션 어드벤처 게임이다. 《메트로이드》 시리즈의 다섯 번째 작품이자, 시리즈 최초로 3D 그래픽과 1인칭 시점을 채택한 타이틀이다.
2002년 11월 18일 북미 지역에서 처음 출시되었으며, 하루 전에 발매된 《메트로이드 퓨전》과 함께 1994년의 《슈퍼 메트로이드》 이후 8년간 이어진 시리즈의 공백기를 마감한 신작이었다. 일본에는 2003년 2월 28일, 유럽에는 2003년 3월 21일에 출시되었다.
게임의 시간적 배경은 시리즈 첫 작품인 《메트로이드》와 《메트로이드 II: 사무스의 귀환》 사이의 시점이다. 플레이어는 주인공 사무스 아란(Samus Aran)의 1인칭 시점으로 행성 탈론 IV(Tallon IV)를 탐색하며, 다양한 바이저(visor) 시스템을 활용해 정보를 수집하고 적과 전투를 벌이는 방식으로 진행된다. 기존 2D 횡스크롤 방식의 메트로이드 시리즈를 3D 환경으로 성공적으로 전환한 작품으로 평가받는다.
이후 후속작으로 《메트로이드 프라임 2: 에코스》(2004), 《메트로이드 프라임 3: 커럽션》(2007)이 출시되었으며, 2009년에는 Wii로 세 작품을 합본한 《메트로이드 프라임: 트릴로지》가 발매되었다. 2023년 2월 9일에는 고해상도 리마스터판이 닌텐도 스위치(Nintendo Switch)로 전 세계 동시 출시되었다.
발매 당시 메타크리틱(Metacritic)에서 97점을 기록하는 등 비평적으로 큰 호평을 받았으며, 여러 매체로부터 2002년 올해의 게임으로 선정되었다. 게임 내 사운드트랙은 Kenji Yamamoto와 Kouichi Kyuma가 작곡하였다.