말피기관(Malpighi管, Malpighian tubule)은 절지동물 중 곤충류, 거미류, 다지류(지네, 노래기 등)에서 볼 수 있는 특수한 배설 기관이다. 이는 중장(中腸)과 후장(後腸)의 경계 부위에 열려 있는 다수의 가늘고 긴 실 모양의 관(세관)으로, 각 세관의 끝은 막혀 있으며 체강(體腔) 속으로 자유롭게 뻗어 있다.
말피기관의 주요 기능은 체강액 속에서 요산(尿酸) 등의 질소 노폐물을 흡수하여 소화관(창자) 속으로 배출하는 것이다. 이를 통해 노폐물이 체외로 직접 배출되지 않고 소화관을 거쳐 배설된다. 또한 말피기관은 체내의 염분 농도와 수분 조절 기능도 수행하지만, 신장(콩팥)처럼 복잡한 여과 및 재흡수 구조를 갖추고 있지는 않다.
명칭은 1669년 누에의 이 기관을 최초로 발견한 이탈리아의 해부학자이자 현미경학자인 마르첼로 말피기(Marcello Malpighi, 1628~1694)의 이름에서 유래하였다.
말피기관의 수는 곤충의 종에 따라 차이가 크며, 1~2쌍에서부터 수십 쌍, 많게는 100쌍 이상 존재하는 경우도 있다. 곤충류에서는 외배엽성 기관으로 분류되며, 거미류에서는 내배엽성 기관이다.
