마그누스 키르트(Magnus Kirt, 1990년 4월 10일~)는 에스토니아의 전직 육상 선수로, 주 종목은 창던지기이다. 소련 에스토니아 SSR 티르바(Tõrva)에서 태어났으며, 키 191cm, 몸무게 87kg이다.
키르트는 2009년 티르바 김나지움을 졸업하고 탈린 공과대학교에서 경영학을 전공했다. 소속팀은 아우덴테스 SK이다.
그의 국제 대회 주요 성적으로는 2019년 도하에서 열린 세계 육상 선수권 대회 창던지기에서 은메달, 2018년 베를린 유럽 선수권 대회 창던지기에서 동메달을 획득한 것이 있다. 또한 2019년 다이아몬드 리그에서 우승했다. 개인 최고 기록은 2019년 6월 22일에 기록한 90.61m로, 이는 에스토니아 국가 기록이다. 2016년 리우데자네이루 하계 올림픽에 참가한 바 있다.
키르트는 왼손잡이 투척 선수로 알려져 있으며, 국제 육상 경기 연맹(World Athletics) 공식 프로필에서도 창던지기 종목의 주요 선수로 등재되어 있다. 현재는 은퇴한 상태로 확인된다.