도쿄 의과대학(東京医科大学, Tokyo Medical University)은 일본 도쿄도 신주쿠구에 본부를 두고 있는 사립 의과대학교이다. 1916년에 설립된 도쿄 의학강습소를 전신으로 하며, 1946년에 대학령에 의해 현재의 명칭인 도쿄 의과대학으로 개칭되었다.
본 대학은 의학부 의학과와 간호학과를 중심으로 교육 및 연구를 수행하고 있다. 부속 기관으로는 도쿄 의과대학 병원, 이바라키 의료 센터, 하치오지 의료 센터 등이 있으며, 이를 통해 임상 교육과 의료 서비스를 제공한다. 건학 이념으로 '자율자행(自主自学)'을 내세우고 있으며, 의학적 지식뿐만 아니라 의료인으로서의 윤리관을 갖춘 인재 양성을 목표로 한다.
2018년, 입학시험 과정에서 여성 지원자와 장기 재수생의 점수를 일괄적으로 감점하여 합격자 수를 인위적으로 조절해 온 사실이 밝혀져 사회적 논란이 된 바 있다. 이 사건 이후 대학 측은 공식적인 사과와 함께 부정 입학 방지를 위한 제도 개선 및 재발 방지 대책을 발표하였다.
