대한민국과 말리 공화국은 1990년 9월 27일 외교 관계를 수립하였다. 말리는 1960년 프랑스로부터 독립한 이후 초기에는 친소련 정책을 추구하였고, 1961년 8월에는 조선민주주의인민공화국(북한)과 외교 관계를 수립하는 등 사회주의 진영과 가까운 관계를 유지하였다. 이러한 배경으로 인해 대한민국과의 외교 관계는 1990년대에 이르러서야 수립되었다.
양국 모두 상대국에 상주 대사관을 두고 있지 않다. 대한민국은 주세네갈 대한민국 대사관이 말리 업무를 겸임하고 있으며, 말리는 주일본 말리 대사관이 대한민국 업무를 겸임하고 있다.
주요 인사 교류로는 1999년 이브라힘 부바카르 케이타(Ibrahim Boubacar Keïta) 말리 총리의 방한, 2000년 5월 알파 우마르 코나레(Alpha Oumar Konaré) 말리 대통령의 국빈 방한(수교 이후 최초의 정상 방한), 2009년 목타르 우안(Moctar Ouane) 말리 외교장관의 방한, 2023년 장원삼 KOICA 이사장의 말리 방문 등이 있다. 2000년 코나레 대통령 방한 당시 양국은 경제기술협력협정과 투자보장협정을 체결하였다.
경제 교류 측면에서 2025년 기준 대한민국의 대(對) 말리 수출액은 약 794만 달러로 식료품, 석유제품, 기계류 등이 주종목이며, 수입액은 약 500만 달러로 면화, 땅콩, 금 등이 주종목이다. 현대종합상사, 영풍산업 등 일부 한국 기업이 말리에 진출한 사례가 있으며, 2001년에는 현대상사가 말리에서 금맥을 발견한 바 있다. 또한 기아자동차에서 제작된 트럭이 말리로 수출되고 있다.
개발 협력 분야에서는 2018년 외교부가 말리와 협력하여 이동식 병원을 설치하였고, 2021년 농촌진흥청은 통일벼를 말리 등에 보급하는 사업을 추진하였다. 1990년 3월에는 체육교류협력 양해각서가 체결되었으며, 2016년에는 말리 공무원들이 방한하여 한국의 선거제도를 연수한 바 있다.
말리에 체류하는 대한민국 국민은 약 20여 명 수준으로, 주로 광업, 선교 등의 분야에 종사하고 있다. 양국 간을 직접 연결하는 직항 항공편은 없으며, 프랑스 등 제3국을 경유하여 이동해야 한다.
한편, 말리와 북한은 1961년 수교 이후 관계를 유지해 왔으며, 북한은 1968년 주말리 대사관을 개설하였다가 1998년 폐쇄하고 현재는 주기니 대사가 겸임하고 있다.
