뉴욕줄기세포재단(New York Stem Cell Foundation, NYSCF)은 미국 뉴욕주 맨해튼에 본부를 둔 비영리 연구 기관이다. 2005년 봄, 수전 L. 솔로몬(Susan L. Solomon)과 메리 엘리자베스 번젤(Mary Elizabeth Bunzel)이 공동 설립하였으며, 당시 조지 W. 부시 행정부의 줄기세포 연구에 대한 제한적 정책에 대응하여 제1형 당뇨병 등 주요 질병의 치료법 개발을 가속화할 목적으로 설립되었다.
NYSCF는 자체 연구소를 운영하며 줄기세포 연구, 기술 개발, 연구자 지원을 수행한다. 2006년 컬럼비아 대학교 인근에 최초의 사설 줄기세포 연구소를 개소하였고, 2017년에는 허드슨 리서치 센터(Hudson Research Center)로 이전하여 약 3,900제곱미터(42,000평방피트) 규모의 연구 공간과 임상 시험용 세포 제조를 위한 GMP 시설을 갖추었다.
주요 연구 성과로는 2008년 근위축성측색경화증(ALS, 루게릭병) 환자 유래 최초의 인간 줄기세포주 확립(타임지 선정 2008년 최고 의학적 돌파구), 2012년 미토콘드리아 대체 요법(MRT) 개발, 2013년 줄기세포 유래 환자 맞춤형 뼈 조직 이식 성공, 2014년 당뇨병 환자 피부세포를 이용한 복제 배아줄기세포주 제작 성공 등이 있다. 또한 NYSCF 글로벌 줄기세포 어레이(Global Stem Cell Array®)라는 완전 자동화된 고처리량 시스템을 개발하여 줄기세포주의 대량 생산 및 품질 관리를 가능하게 하였다.
NYSCF는 구글(Google), 마운트사이나이 의과대학, 존스홉킨스 의과대학, 하버드 의과대학, 컬럼비아 대학 등 여러 기관과 협력 관계를 맺고 있다. 로버트슨 얼리 커리어 인베스티게이터 어워드(Robertson Early Career Investigator Awards)와 드러켄밀러 박사후 펠로우십(Druckenmiller Postdoctoral Fellows Awards) 등의 연구 지원 프로그램을 운영한다.
2025년 10월, NYSCF는 유전체 및 유전 의학 분야의 글로벌 선도 기관인 잭슨 연구소(The Jackson Laboratory, JAX)에 인수되어 JAX-NYSCF 콜라보레이티브(JAX-NYSCF Collaborative)로 통합되었다. 설립 이후 NYSCF는 줄기세포 연구에 4억 달러 이상을 투자하였으며, 114명의 과학자, 기술자, 엔지니어 및 행정 직원을 고용하고 있다.
