남양주시민축구단은 대한민국 경기도 남양주시를 연고지로 하는 축구단 및 그 운영 주체를 가리키는 명칭이다. 이 명칭은 시기와 맥락에 따라 두 가지 실체를 지칭한다.
먼저, 역사적으로는 2008년 2월 13일에 창단되어 남양주종합운동장을 홈 경기장으로 사용하며 K3리그(당시 챌린저스리그)에 참가했던 남자 아마추어 축구단을 의미한다. 이 구단은 남양주 유나이티드로도 불렸으며, 2012년에 재정난으로 해단되었다.
둘째, 현재의 남양주시민축구단은 2023년 12월 28일에 창단된 남자 세미프로 축구단이다. 사단법인 남양주시민축구단이 운영하며, 공식 명칭은 남양주 FC(Namyangju Football Club)이다. 2024년 시즌부터 대한민국 축구 4부 리그인 K4리그에 참가하고 있으며, 홈 경기장은 남양주종합운동장이다. 구단은 2025년 시즌 K4리그에서 준우승을 기록하였다.
현재 구단은 경기도 남양주시 다산동 지역에 사무소를 두고 있으며, 대표이사는 문한경이다. 초대 감독은 김성일로, 2024년부터 팀을 지휘하고 있다. 구단은 공식 웹사이트(nyjfc.com)를 운영하며 자원봉사자 프로그램, 대학생 마케터 운영, 정기 후원 프로그램 등 시민 참여형 운영 방식을 채택하고 있다. 창단 당시 "74만 시민 모두가 구단주"라는 슬로건이 사용되기도 하였다.
한편 2025년 시즌에는 병역 기피 논란으로 알려진 축구선수 석현준이 입단하여 주장으로 활동한 사례가 언론과 지방의회에서 논란이 되기도 하였다.
이와 같이 남양주시민축구단이라는 명칭은 2008~2012년에 활동한 과거 구단과, 2023년에 새로 창단되어 현재 K4리그에서 활동하는 구단 모두를 포괄적으로 지칭하는 용어로 사용되고 있다.
