군함조과(軍艦鳥科, 학명: Fregatidae)는 가다랭이잡이목(Suliformes)에 속하는 조류의 한 과이다. 군함조속(Fregata)과 화석 분류군인 †담수군함조속(Limnofregata)으로 이루어져 있으며, 현존하는 종은 모두 다섯 종이 속해 있다. 다섯 종은 아메리카군함조, 어센션군함조, 흰배군함조, 큰군함조, 군함조(쇠군함조)이다.
군함조과의 조류는 모두 긴 날개와 긴 꼬리, 긴 부리를 지니고 있으며, 수컷은 암컷을 유혹하기 위해 목 부위의 붉은 주머니를 부풀릴 수 있는 것이 특징이다. 열대 및 아열대 해양 지역의 섬에서 주로 서식하며, 뛰어난 비행 능력을 가지고 있어 장시간 공중에 머무를 수 있다. 몸길이는 1m 이상이고 날개길이는 48~56cm 정도이다. 날개는 좁고 끝이 뾰족하며, 꼬리도 길고 뾰족하여 제비꼬리와 유사한 형태를 띤다.
이전에는 사다새목(Pelecaniformes)으로 분류되었으나, 현재는 가다랭이잡이목(Suliformes)으로 재분류되었다. 1758년 칼 린네(Carl Linnaeus)에 의해 처음 분류되었다.
군함조과라는 이름은 한자어 '군함(軍艦, 전함)'과 '조(鳥, 새)'의 합성어로, 이 새의 비행 모습이나 사냥 방식이 군함과 유사하다는 데서 유래한 것으로 추정된다. 영어명은 frigatebird로, 이 역시 군함(frigate)에서 비롯된 명칭이다.
