관세자주권(關稅自主權, tariff autonomy 또는 customs autonomy)이란 국가가 자국의 관세 제도와 관세율을 결정함에 있어 조약이나 협정 등 외부의 속박을 받지 않고 자주적으로 결정할 수 있는 권리를 말한다. 이는 국가 주권의 중요한 구성 요소 중 하나로 간주된다.
개념적 측면에서 관세자주권은 국가의 경제적 독립을 상징하는 핵심 요소로, 국가는 이를 통해 자국 산업을 보호하기 위한 보호 관세를 설정하거나 국가 재정 수입을 확보하기 위한 재정 관세를 부과하는 등 경제적 필요에 따라 관세 정책을 운용할 수 있다. 관세자주권이 제한된 상태에서는 타국과의 협정으로 고정된 협정 관세를 따를 수밖에 없어 자국 경제 상황에 맞는 유연한 정책 대응이 어려워진다.
역사적 측면에서 관세자주권은 근대 초기 제국주의 열강과 아시아 국가들 사이의 불평등 조약 체결 과정에서 주요한 쟁점이 되었다. 조선의 경우 1876년 강화도 조약(조일수호조규) 체결 당시 무관세 또는 지극히 낮은 수준의 관세율이 적용되었으며, 이후 1882년 조미수호통상조약과 1883년 조일통상장정 개정 등을 거치며 관세 부과 원칙을 명문화하고 자주권을 회복하려는 외교적 노력을 기울였다. 청나라는 아편전쟁 이후 난징조약 등을 통해 관세자주권을 상실하고 협정 관세를 강요받았으며, 일본 역시 미일수호통상조약 등으로 관세자주권을 상실했다가 메이지 유신 이후 외교적 노력 끝에 1911년에 이르러 이를 완전히 회복한 것으로 알려져 있다.
현대 국제 사회에서 관세자주권은 주권 국가의 당연한 권리로 간주된다. 다만 세계무역기구(WTO) 체제의 출범과 자유무역협정(FTA)의 확산에 따라 각 국가는 상호 경제적 이익을 위해 자발적으로 관세 장벽을 낮추거나 철폐하는 추세에 있다. 이는 외부의 강요에 의한 주권 침해라기보다 국제법적 합의에 기초하여 국가가 스스로 관세권을 행사하는 주권 행사의 일환으로 해석된다.
관련 개념으로는 국가가 법률에 의해 독자적으로 정하는 국정 관세, 조약이나 협정에 의해 상대국과 합의하여 정하는 협정 관세, 그리고 관세자주권 상실이나 치외법권 허용 등으로 일방 당사국에 불리하게 체결된 불평등 조약 등이 있다.
