고후카쿠사 천황(일본어: 後深草天皇, 1243년 6월 28일 ~ 1304년 8월 17일)은 일본의 제89대 천황으로, 재위 기간은 1246년부터 1260년까지이다.
가계와 즉위
고후카쿠사 천황은 제88대 천황인 고사가 천황(後嵯峨天皇)의 차남으로, 휘(諱)는 히사히토(久仁)이다. 어머니는 태정대신 사이온지 사네우지의 딸인 사이온지 기쓰시(西園寺姞子)이다. 호칭의 유래는 제54대 천황인 닌묘 천황(仁明天皇)의 별칭인 '후카쿠사노미카도(深草帝)'에서 비롯되었으며, '고(後)'는 '후대'라는 뜻을 더해 붙여진 것이다.
1246년 아버지 고사가 천황의 양위로 불과 4세의 나이에 즉위하였다. 그러나 실질적인 정치 권력은 인세이(院政, 상황정치)를 시행한 아버지 고사가 상황이 쥐고 있었다.
양위와 이후의 정치적 상황
고사가 상황은 아들들 중 동생인 쓰네히토 친왕(훗날의 가메야마 천황)을 더욱 총애하였다. 이에 따라 1258년 쓰네히토 친왕이 황태자로 옹립되었고, 1259년에는 고후카쿠사 천황이 아버지 고사가 상황의 의도에 따라 동생 가메야마 천황에게 양위하게 되었다.
이후 고후카쿠사 천황의 혈통인 지묘인 왕통(持明院統)과 가메야마 천황의 혈통인 다이카쿠지 왕통(大覚寺統) 사이의 대립이 시작되었다. 고후카쿠사 상황은 가마쿠라 막부에 호소하여 자신의 아들 히로히토 친왕(훗날의 후시미 천황)이 황태자로 책봉되도록 하였고, 1287년 후시미 천황이 즉위하면서 고후카쿠사 상황의 원정(院政)이 시작되었다.
후반기 생애
1290년 고후카쿠사 상황은 출가하여 법명을 '소지쓰(性助)'로 삼고 원정에서 물러났다. 이후에도 그의 일곱 번째 아들인 히사아키 친왕이 제8대 가마쿠라 막부 쇼군이 되는 등 지묘인 왕통의 입지는 강화되었다. 1304년 8월 17일 62세(만 61세)의 나이로 사망하였으며, 능묘는 교토시 후시미구에 있는 후카쿠사 북릉(深草北陵)이다.
저서로는 자신의 일기인 《고후카쿠사인신기(後深草院宸記)》가 전해지고 있다. 또한 고후카쿠사 천황의 혈통은 훗날 지묘인 왕통을 통해 오늘날 일본 천황가의 조상이 되었다는 점에서 역사적 의의가 있다.
