고코마쓰 천황(後小松天皇, 1377년 8월 1일 ~ 1433년 12월 1일)은 일본의 제100대 천황이자 북조(北朝)의 제6대 천황이다. 휘(諱)는 모토히토(幹仁)이며, 고엔유 천황(後円融天皇)의 장남으로 태어났다. 호칭은 제58대 고코 천황(光孝天皇)의 별칭인 '고마쓰노미카도(小松帝)'에서 따온 것으로, 비한자문화권에서는 고코 2세(Go-Komatsu II)로 불리기도 한다.
1382년 아버지 고엔유 천황의 양위를 받아 6세의 나이로 북조 천황에 즉위하였으며, 당시 무로마치 막부의 제3대 쇼군이었던 아시카가 요시미쓰(足利義満)가 실권을 장악하고 있었다. 1392년 남조의 고카메야마 천황(後亀山天皇)으로부터 삼종신기를 넘겨받아 남북조 통일을 이루었다. 이때 남조와 북조가 교대로 황위를 계승하기로 합의하였으나, 1412년 고코마쓰 천황은 이 합의를 어기고 자신의 아들인 미히토 친왕(후일의 쇼코 천황)에게 양위하였다.
상황(上皇)으로 물러난 이후에도 쇼코 천황과 후임인 고하나조노 천황(後花園天皇)에 걸쳐 2대에 걸쳐 원정(院政)을 실시하였다. 쇼코 천황이 병약하여 후계자를 두지 못하자, 후시미노미야 사다후사 친왕(伏見宮貞成親王)의 계통에게 뒤를 잇게 하였다. 1433년 56세의 나이로 붕어하였다.
남북조 통일 이후 근대에 이르러 다이카쿠지통(大覚寺統)의 남조가 정통성으로 인정받으면서, 고코마쓰 천황을 제외한 지묘인통(持明院統)의 북조 천황들은 역대 천황 계보에 포함되지 않게 되었다. 다만 현재의 천황가는 혈통상 북조의 후손으로 이어진다.
