헌은 그리스 레프카다에서 태어나 아일랜드와 프랑스에서 교육을 받았다. 미국으로 이주하여 신문 기자로 활동했으며, 뉴올리언스에서 주로 활동하며 지역 문화와 문학에 기여했다.
1890년 일본으로 건너간 헌은 마쓰에에서 교사로 일하며 일본 생활을 경험하기 시작했다. 곧 일본 문화와 민속에 매료되어 관련 글을 쓰기 시작했으며, 일본 여성 세츠코 고이즈미와 결혼하여 일본으로 귀화, '고이즈미 야쿠모'라는 일본 이름을 얻었다.
고이즈미 야쿠모는 일본의 괴담, 민화, 종교, 풍습 등을 소재로 한 다수의 작품을 발표했다. 그의 대표작으로는 『괴담(Kwaidan)』, 『일본의 영혼(Glimpses of Unfamiliar Japan)』, 『동양에서(Out of the East)』 등이 있다. 이러한 작품들은 일본 문화를 서양의 독자들에게 소개하는 데 중요한 역할을 했다.
1904년 도쿄에서 심장병으로 사망했으며, 그의 작품은 오늘날까지도 일본 문화 연구에 귀중한 자료로 평가받고 있다.