고야산(일본어: 高野山, Koyasan)은 일본 와카야마현 이토군 고야정에 위치한 높이 약 1,000m 전후의 산들로 둘러싸인 해발 약 800m급 고원 및 분지 지역을 가리킨다. 공식적으로 '고야산'이라는 단일 봉우리를 가리키는 지명은 존재하지 않으며, 8개의 봉우리로 둘러싸인 분지 전체를 총칭하는 명칭이다.
헤이안 시대인 819년(일부 문헌에는 816년) 경, 홍법대사 구카이(空海, 774~835)가 진언종(眞言宗) 불교의 수행 장소로 개산(開山)한 곳이다. 이후 고야산은 일본 불교 밀교의 본거지가 되었으며, 교토의 히에이산(比叡山)과 함께 일본 불교의 양대 성지로 꼽힌다.
산내에는 고야산 진언종의 총본산인 곤고부지(金剛峰寺)를 비롯하여 117개에 이르는 사원이 있다. 이 중 약 절반은 슈쿠보(宿坊, 수행 승려의 숙박 시설)를 겸하고 있어 일반 참배객과 관광객이 숙박할 수 있다. 중심 구역은 '단조가람(壇上伽藍)'이라 불리며, 근본도장인 금당을 비롯해 근본대탑 등 주요 건축물이 자리하고 있다. 구카이의 영묘가 있는 오쿠노인(奥の院) 주변에는 약 20만 기 이상의 황실, 구게(공가), 다이묘들의 무덤이 조성되어 있다.
2004년 7월 7일, 요시노·오미네, 구마노와 함께 '기이 산지의 영지와 참예도(紀伊山地の霊場と参詣道)'라는 명칭으로 유네스코 세계문화유산에 등재되었다.
교통편으로는 난카이 전철 고야선의 종착역인 고쿠라쿠바시 역에서 하차한 후, 고야산 케이블카를 이용하여 고야산 역에 도착할 수 있다.
