고사가 천황(일본어: 後嵯峨天皇, 1220년 4월 1일 ~ 1272년 3월 17일)은 일본 가마쿠라 시대의 제88대 천황이다. 재위 기간은 1242년부터 1246년까지이다.
호칭의 유래는 52대 천황인 사가 천황(嵯峨天皇)에서 비롯되었으며, '고(後)'는 '후(後)'를 의미하여 '후대의 사가 천황'이라는 뜻을 지닌다. 어릴 적 이름은 구니히토(邦仁) 친왕이다. 쓰치미카도 천황(土御門天皇)의 차남이며, 선대 천황인 시조 천황(四条天皇)의 둘째 조카이다.
아버지 쓰치미카도 천황이 조큐의 난(承久の乱) 이후 도사(土佐)에 유배되면서, 어린 시절을 외가 쪽 친척들의 보살핌 아래 힘겹게 보냈다. 1242년 시조 천황이 12세의 나이로 갑작스럽게 사망하자 황위 계승 문제가 발생하였다. 가마쿠라 막부의 싯켄(執権) 호조 야스토키(北条泰時)와 로쿠하라 단다이(六波羅探題) 호조 시게토키(北条重時)의 지지로 구니히토 왕이 즉위하게 되었다.
재위 4년 만인 1246년, 아들 히사히토 친왕(후일의 고후카쿠사 천황)에게 양위하고 상황(上皇)으로서 원정(院政)을 시작하였다. 1259년에는 고후카쿠사 천황에게 동생 쓰네히토 친왕(후일의 가메야마 천황)에게 양위하도록 하였다. 1268년에는 출가하여 법황(法皇)이 되었고, 1272년에 사망하였다.
고사가 천황의 통치 시기는 가마쿠라 막부의 조정 장악이 진행되던 시기로, 상황의 원정조차 막부의 통제 아래 있었다. 그는 사이온지 집안(西園寺家) 및 호조 집안과의 제휴를 통해 정치적 안정을 도모하였다. 또한 그의 장남 무네타카 친왕(宗尊親王)이 가마쿠라 막부의 쇼군이 되면서 이후 왕족 출신이 쇼군 자리를 잇는 계기가 마련되었다.
고사가 천황이 사망할 당시, 후계 문제에 있어 고후카쿠사 천황이 아닌 가메야마 천황의 아들(훗날의 고우다 천황)을 황태자로 세운 결정은 이후 일본 천황가의 두 계통인 지묘인 왕통(持明院統)과 다이카쿠지 왕통(大覚寺統)으로의 분열을 초래하였으며, 이는 남북조 시대(南北朝時代)로 이어지는 정치적 혼란의 원인이 되었다.
