고바야시 신지(일본어: 小林 伸二, こばやし しんじ, 1960년 8월 24일~)는 일본의 은퇴한 축구 선수이자 현 축구 지도자이다. 나가사키현 운젠시 출신이며, 현역 시절 공격수로 활약했다.
선수 시절, 고바야시 신지는 1983년부터 1992년까지 일본 사커 리그의 마쓰다(현 산프레체 히로시마의 전신)에서 뛰었다. 이후 지도자로 전향하여 여러 J리그 구단의 감독을 역임했다. 2001년 오이타 트리니타의 감독으로 취임하여 2002년 J2리그 우승으로 J1리그 승격을 이끌었다. 이후 세레소 오사카(2004~2006), 몬테디오 야마가타(2008~2011), 도쿠시마 보르티스(2012~2015), 시미즈 에스펄스(2016~2017), 기라반츠 기타큐슈(2019~2021, 2023) 등에서 감독을 맡았다. 특히 여러 구단을 J2리그에서 J1리그로 승격시킨 경력으로 알려져 있다. 2024년부터는 J3리그 도치기 SC의 감독으로 활동하고 있다.
한편, 동명이인으로 1963년 10월 17일생의 축구 선수 고바야시 신지(일본어: 小林 慎二)도 존재한다. 이 선수는 1986년 일본 사커 리그의 고후 클럽에 입단하여 1991년까지 뛰었고, 이후 전일본공수(요코하마 플뤼겔스)로 이적했으며, 1994년부터 1997년까지 재팬 풋볼 리그의 후지쯔와 후쿠시마 FC에서 활약했다.
이처럼 '고바야시 신지'는 일본에서 비교적 흔한 이름 조합으로, 축구 분야에서 두 명의 동명이인이 확인되며, 그 외에도 다른 분야에서 동명이인이 존재할 가능성이 있다.
