고무라카미 덴노 (일본어: 後村上天皇, 1328년 ~ 1368년 3월 29일)는 일본의 제97대 천황이자 남북조 시대의 남조(南朝) 제2대 천황이다. 휘(諱)는 노리요시(寛成)이며, 고다이고 덴노(後醍醐天皇)의 황태자로 태어났다.
1339년 아버지 고다이고 덴노가 사망하자, 그의 뒤를 이어 요시노(吉野)에서 즉위했다. 고무라카미 덴노는 남북조 시대의 격동기 속에서 남조의 명맥을 잇고 북조(北朝) 및 아시카가 쇼군 가문(足利将軍家)에 대항하여 남조의 정통성을 수호하려 노력했다.
재위 기간 동안 남조 세력은 아시카가 다카우지(足利尊氏)를 비롯한 북조의 강력한 군사적 압력에 시달렸으며, 남조의 거점은 계속해서 위협받았다. 고무라카미 덴노는 이러한 어려운 상황 속에서도 남조 세력의 규합과 저항을 독려했다. 특히 가네나가 친왕(懐良親王) 등을 규슈(九州)에 파견하여 남조 세력을 확대하고 외교적 노력을 기울이기도 했으나, 점차 아시카가 막부의 지배가 공고해지면서 남조의 입지는 더욱 좁아졌다.
그의 치세 동안 남북조 간의 전쟁은 끊이지 않았으며, 무라카미(村上) 가문 등 일부 무사 집안이 끝까지 남조를 지지하며 분투했다. 1368년 고무라카미 덴노는 요시노에서 붕어했으며, 그의 뒤를 이어 조케이 덴노(長慶天皇)가 즉위하며 남조의 명맥을 이었다. 고무라카미 덴노는 남북조 시대의 복잡한 역사 속에서 남조의 정통성과 유지를 위해 고군분투했던 상징적인 천황으로 평가받는다.